Un chercheur botaniste danois a récemment observé en microscopie électronique un virus de morphologie étonnamment proche des Filovirus, mais cette fois le virus a été isolé d’un insecte aphid, petit arthropode piqueur des herbes des jardins de France ! La piste des virus de plantes qui pourraient « passer » chez les vertébrés avait déjà été relevée par Karl Johnson et son équipe au Zaïre. Nos recherches en République centrafricaine nous avaient permis d'observer une forte prévalence en anticorps Ebola chez des cobayes, animaux strictement herbivores : 14 % de ces animaux suivis pendant six mois présentaient une séroconversion pour le virus Ebola. Aucun virus n'a néanmoins pu être isolé au cours de ces études. Swanepoel a essayé à maintes reprises d'infecter des plantes, mais sans succès.
Les analyses phylogéniques réalisées par séquençage d'une partie du génome des différentes souches Ebola révèlent une étonnante stabilité : les souches virales isolées en 1976 et en 1995 au Zaïre ne diffèrent que de quelques nucléotides et sont par contre différentes de la souche de Côte d'Ivoire. Ces données structurales laissent à penser que le virus Ebola circule dans un environnement stable. Ces virus semblent être distribués en foyers plus ou moins étendus selon les écosystèmes, et évoluer lentement en l'absence de pression de sélection.

@JM IRD

Elevage de tiques nourries sur Rattus norvegicus, ou surmulot, dans le laboratoire de Haute Sécurité (P3) du RCEVD (Research Center for Emerging Viral Diseases). Le surmulot transmet un Hantavirus (virus à A.R.N. -rétrovirus- qui provoque des fièvres hémorragiques), le virus de Seoul. On les retrouve associés dans le monde entier, en particulier dans les ports où les rats abondent, arrivant avec la marchandise des bateaux, et colonisant ainsi la planète. Le manipulateur immobilise le rat pour faire gorger des larves de tiques susceptibles d'être porteuses d'un Hantavirus. Université Mahidol à Salaya, Thaïlande © IRD/G. Chauvancy/source : Jean-Paul Gonzalez.

http://www.mpl.ird.fr/suds-en-ligne/fr/virales/expansio/images/16382.jpg

Grippes, méningites, pneumonies…

En 1986, C. J. Peters, directeur du laboratoire P4 au CDC, écrivait : « Le spectre complet des infections attribuables à des virus proches du virus Hantaan reste à définir et peut inclure des syndromes grippaux, des méningites et des pneumonies hémorragiques. » Ces lignes prémonitoires, qui précédaient de peu l’apparition de la maladie des Indiens navajos, restent d’actualité. Le spectre complet des maladies dues aux Hantavirus et leur distribution géographique pourraient être complétés par une surveillance accrue, en particulier en Asie du Sud et en Afrique.
En 1983, une enquête sérologique réalisée parmi les populations humaines de Casamance, au Sénégal, nous a permis de révéler des prévalences inconnues à ce jour pour le virus Hantaan (16,5 %), mais sans maladie associée. Dès le début des années 1980, on soupçonnait la présence de virus proches des Hantavirus en Afrique centrale. En 1986, nous avons révélé le premier cas d’infection humaine par un Hantavirus en République centrafricaine. Depuis lors, le virus n’a jamais été isolé, des évidences sérologiques laissent à penser que les Hantavirus circulent aussi en Afrique, mais leur pathogénicité reste inconnue. En Asie du Sud, d’autres Hantavirus que ceux reconnus comme hautement pathogènes pour l’homme ont été isolés, cependant ils n’apparaissent pas jusqu’ici responsables d’infections humaines ; nous avons récemment démontré en Thaïlande qu’il existe un syndrome clinique associé à des cicatrices sérologiques spécifiques d’une infection par un Hantavirus. Là encore, le virus causal reste à isoler.
Au vu des données récentes et de la grande diversité des tableaux cliniques induits par les Hantavirus, il faudrait ré-entreprendre des recherches pour identifier les syndromes éventuellement associés à un Hantavirus de distribution localisée et associé à un hôte spécifique.
@JM

Le défi posé par les Filovirus ne se limite pas au risque de manifestations épidémiques à venir. Cette famille pourrait apporter une contribution majeure à notre conception de l’évolution des virus : l'élément le plus surprenant pourrait en être l'existence de virus communs aux règnes animal et végétal.
Dans l’état actuel de nos connaissances, y a-t-il pour les populations d’Europe et d’Amérique un risque d’épidémie ? Question classique. Jusqu’à présent, les épidémies à virus Ebola ont principalement pris la forme d’épidémies nosocomiales dans le contexte de pénurie des hôpitaux en Afrique, en particulier en milieu rural. Par ailleurs, il est probable que les manifestations épidémiques des virus Ebola ou Marburg soient rares et localisées, et la possibilité de diffusion du virus faible. Pourtant, notre ignorance du réservoir de ces virus constitue une menace. Les modifications écologiques survenant en Afrique peuvent entraîner une augmentation importante de la transmission de ces virus, et leur expansion dans un nouvel écosystème favorable à une diffusion planétaire. En raison de leur potentiel pathogène, il n’est donc pas possible de limiter les études sur ces virus aux manifestations épidémiques. La mise en place de laboratoires de recherche épidémiologique sur le terrain, accompagnée de la formation du personnel médical à la prévention et au diagnostic des épidémies nosocomiales, est une nécessité. Il existe dans le monde différents laboratoires à haute sécurité (P4) ; leur rôle ne peut se limiter à intervenir uniquement en période épidémique. Une étroite collaboration entre les scientifiques de terrain et des laboratoires de ce type est nécessaire. La particularité de ces virus et la nécessité de les manipuler dans des structures très complexes entraînent une répartition des activités entre ces deux groupes de scientifiques.
@ JM

Des virus énigmatiques

Aujourd'hui, près de trente ans après la découverte du premier membre de la famille des Filoviridae, on ne connaît ni les hôtes naturels, ni les vecteurs, ni les réservoirs de ces virus. À l’heure actuelle, on ne sait pas où ces virus se maintiennent dans la nature après s’être manifestés sous forme d'épidémies mortelles. Autrement dit, leur cycle de maintien dans la nature reste du domaine de la pure spéculation. Ce cas est unique dans l'histoire de la virologie, à savoir qu'un virus ou une famille de virus, hautement pathogènes pour l'homme, aient résisté aux nombreuses recherches conduites sur l'épidémiologie de la maladie et l'écologie des germes.
Dès leur isolement et leur caractérisation, ces virus ont posé une énigme : leur morphologie originale les rapprochait de la seule famille des Rhabdoviridae (virus de la rage), tout en présentant des caractères jamais observés auparavant en microscopie électronique (ils ont l’aspect d’un long filament). Puis, l'analyse du génome a démontré une stratégie de réplication proche à la fois de celle des Rhabdovirus et des Paramyxovirus (virus respiratoire). Finalement, on a conclu que les souches de virus Marburg et Ebola formaient un groupe taxonomique original, pour lequel l'équipe de Michael Kiley proposa de créer la famille des Filoviridae. Mais l'histoire de leur errance taxonomique n’est pas terminée. La définition d'une famille laisse subsister la question du genre et de l’espèce qui, malgré une différence claire entre les souches de virus Marburg et Ebola, n'a pu être établie, en raison de l'absence de test de séroneutralisation, classiquement utilisé pour une classification des espèces virales.

@JM IRD